Tranh chấp trong vùng quần đảo Trường Sa và các vùng gần đó không chỉ là tranh chấp chủ quyền đối với các đảo/đá mà còn là tranh chấp tài nguyên thiên nhiên như dầu khí và hải sản. Đã có nhiều cuộc xung đột xảy ra giữa các nước về những tàu đánh cá nước ngoài trong vùng đặc quyền kinh tế của nước khác và báo chí cũng thường đưa tin về những vụ bắt giữ ngư dân. Nhiều nước tuyên bố chủ quyền cũng chưa cấp phép khai thác tài nguyên tại vùng biển thuộc quần đảo vì lo ngại hậu quả là một cuộc xung đột ngay lập tức. Các công ty nước ngoài cũng không đưa ra bất kỳ một cam kết nào về việc khai thác vùng này cho đến khi tranh chấp về lãnh thổ được giải quyết hay các nước tham gia đạt được thoả thuận chung.

Từ trái sang phải là ba rạn đá san hô có tên là đá Cô Lin, đá Gạc Ma và đá Len Đao. Ngày 14 tháng 3 năm 1988, một cuộc đụng độ quân sự đã diễn ra tại đây giữa Việt Nam và Trung Quốc.

Việt Nam Cộng hòa và Philippines

Từ 1956 - 1975, quần đảo Trường Sa thuộc quyền quản lý của Việt Nam Cộng hòa sau khi tiếp thu từ Pháp quyền kiểm soát quần đảo Trường Sa. Năm 1963, Hải quân Việt Nam Cộng hòa đưa tàu ra dựng bia ở một số đảo, nhưng sau đó rút đi và không đồn trú lâu dài.

Năm 1970 Philippines đã tổ chức chiếm giữ đảo Song Tử Đông, đảo Thị Tứ, đảo Loại Ta và 4 đảo nữa. Theo như Đại tá về hưu hải quân Philippines Domingo Tucay Jr kể lại thì các đảo, bãi khi đó hoàn toàn hoang vắng, Philippines chiếm đóng dễ dàng. Chỉ khi tới đảo Song Tử Tây, họ mới thấy quân Việt Nam Cộng hòa đóng ở đây. Quân Philippines báo về sở chỉ huy, được chỉ thị cứ để mặc quân Việt Nam Cộng hòa. Lính Việt Nam Cộng hòa ở đảo Song Tử Tây cũng để yên để cho quân Philippines hành động. Sau chiến dịch, Philippines chiếm được 6 đảo nổi và bãi đá mà không cần phải nổ súng, trong đó Thị Tứ là đảo lớn thứ nhì, Bến Lạc (Đảo Dừa) là đảo lớn thứ ba, Song Tử Đông là đảo lớn thứ năm ở quần đảo Trường Sa. Philippines giữ các đảo và bãi này từ đó đến nay.

Sau vụ chiếm đóng, chính phủ Việt Nam Cộng hòa cũng không hề lên tiếng phản đối hoặc có động thái quân sự gì để đáp trả vụ chiếm đóng đó. Theo như lời Tucay kể lại, nhiều tháng sau khi Philippines chiếm đóng 7 đảo ở quần đảo Trường Sa, các nước khác mới biết vụ việc này[146][147].

Việt Nam Cộng hòa và Đài Loan

Năm 1956, Đài Loan điều tàu đến đảo Ba Bình khi đó thuộc quyền quản lý của Việt Nam Cộng hòa. Chính quyền Việt Nam Cộng hòa đã không có hành động gì để phản đối. Nhân dịp lễ Song Thập 10/10 của Trung Hoa Dân Quốc (tức Đài Loan), Tổng thống Ngô Đình Diệm đã ra lệnh cho quân rút khỏi đảo Ba Bình là đảo lớn nhất tại quần đảo, Đài Loan giành quyền kiểm soát đảo mà không cần phải nổ súng.

Thời điểm quân đội Đài Loan thực sự tái chiếm đảo Ba Bình chưa rõ ràng, bởi có rất nhiều thông tin khác nhau về thời điểm Đài Loan điều tàu đến đảo Ba Bình vào năm 1956 (ngày 20 tháng 5, tháng 7, tháng 9 hoặc tháng 10[148]) và có nguồn tài liệu cho rằng từ năm 1971 thì Đài Loan mới thực sự đồn trú lâu dài trên đảo.[149][Ghi chú 15]

Ngày nay, đảo Ba Bình được Đài Loan biến thành một "pháo đài" với nhiều công sự phòng thủ kiên cố và có một đường băng cho phép máy bay vận tải C-130 Hercules lên xuống.

Việt Nam và Trung Quốc, Đài Loan

Tháng 3 năm 1988, Việt Nam và Trung Quốc đụng độ vũ trang trên biển về quyền kiểm soát đá Gạc Ma, đá Cô Lin và đá Len Đao thuộc quần đảo Trường Sa (Hải chiến Trường Sa 1988). Trong sự kiện này, ba tàu frigate của Hải quân Trung Quốc là 502 Nam Sung, 556 Tương Đàm và 531 Ưng Đàm đã đánh đắm ba tàu vận tải của Hải quân Việt Nam là HQ-505, HQ-604 và HQ-605, đồng thời làm chết 64 binh sĩ Việt Nam.[150]

Tháng 5 năm 1992, Tổng công ty Dầu khí Hải dương Trung Quốc (CNOOC) và Crestone Energy (một công ty Mỹ có trụ sở ở Denver, tiểu bang Colorado) đã ký một hợp đồng hợp tác để cùng thăm dò một khu vực rộng 7.347 hải lý vuông (gần 25.200 km²) mà họ gọi là Vạn An Bắc-21 (nằm giữa bãi ngầm Tư Chính và bãi ngầm Phúc Tần; cách bờ biển Việt Nam 160 hải lí[151]), nơi Trung Quốc xem là một phần của quần đảo Nam Sa trong khi Việt Nam xem là một phần của vùng đặc quyền kinh tế - thềm lục địa và không liên quan đến quần đảo Trường Sa. Tháng 9 năm 1992, Việt Nam cáo buộc Trung Quốc đã bắt giữ hai mươi tàu chở hàng từ Việt Nam đến Hồng Kông từ tháng 6 năm 1992 nhưng không thả hết số tàu này.[152] Tháng 4 và tháng 5 năm 1994, Việt Nam phản đối công ty Crestone thăm dò địa chất ở bãi Tư Chính, tái khẳng định bãi này hoàn toàn nằm trong vùng đặc quyền kinh tế - thềm lục địa của Việt Nam và không có tranh chấp gì ở đây.[153]

Ngày 10 tháng 4 năm 2007, trước câu hỏi của phóng viên về phản ứng của Trung Quốc trước việc chính phủ Việt Nam phân lô dầu khí, gọi thầu, hợp tác với hãng BP của Anh để xây dựng đường ống dẫn khí thiên nhiên (ở khu vực mà Trung Quốc quan niệm thuộc Nam Sa[154] và Việt Nam quan niệm thuộc vùng đặc quyền kinh tế - thềm lục địa[155]) đồng thời tổ chức bầu cử Quốc hội Việt Nam [khóa XII] tại quần đảo Trường Sa, người phát ngôn Bộ Ngoại giao Trung Quốc Tần Cương trả lời rằng "Việt Nam đưa ra hàng loạt hành động mới xâm phạm chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán của Trung Quốc ở Nam Sa, đi ngược lại với đồng thuận mà lãnh đạo hai bên Trung-Việt đã đạt được về vấn đề trên biển", và "Trung Quốc đã biểu thị mối lo ngại sâu sắc và giao thiệp nghiêm khắc với Việt Nam" [154] ngay trong thời gian Chủ tịch Quốc hội Việt Nam Nguyễn Phú Trọng đang thăm chính thức nước này.[156] Ngày 9 tháng 7 năm 2007, tàu hải quân Trung Quốc đã nã súng vào một số thuyền đánh cá của ngư dân Việt Nam trong vùng biển gần Trường Sa, làm chìm một thuyền đánh cá của Việt Nam, khiến ít nhất một ngư dân thiệt mạng và một số người khác bị thương.[157] Sau đó, Thứ trưởng Ngoại giao Việt Nam Vũ Dũng đã đến Bắc Kinh từ ngày 21 đến 23 tháng 7 để bàn về các vấn đề biên giới, đặc biệt là trên biển.[158]

Quân đội Việt Nam trên đảo Trường Sa.

Ngày 31 tháng 5 năm 2011, chỉ vài ngày sau sự kiện tàu Bình Minh 02 khi tàu hải giám của Trung Quốc cắt cáp tàu địa chấn của Việt Nam, ba tàu Trung Quốc đã bắn đuổi các tàu cá Việt Nam tại một địa điểm nằm cách đá Đông 15 hải lý (27,8 km) về phía đông nam.[159]

Ngày 20 tháng 4 năm 2012, Cục Cảnh sát biển Đài Loan cho biết ngày 22 tháng 3 năm 2012, tàu tuần tra của Việt Nam đã xâm nhập vào vùng biển hạn chế quanh đảo Ba Bình, và đã rời đi sau khi tàu cao tốc M8 của Cục Cảnh sát biển Đài Loan tới chặn. Đến ngày 26 cùng tháng, tiếp tục có hai tàu tuần tra của Việt Nam xâm nhập vào vùng biển gần đảo Ba Bình, các tàu này đã rời đi sau khi phát hiện mình bị Cảnh sát biển Đài Loan theo dõi bằng radar. Cục Cảnh sát biển Đài Loan cho biết không bên nào nổ súng trong cả hai sự cố.[160] Trước đó, một số phương tiện truyền thông đưa tin phía Việt Nam đã dùng súng máy bắn khiêu khích trước và bị phía Đài Loan bắn trả.[161][162] Ngày 21 tháng 5 năm 2012, Ủy viên Lập pháp thuộc Quốc dân Đảng Lâm Úc Phương cho biết tàu Việt Nam thường xâm nhập vào vùng biển hạn chế 6.000 m ở quanh đảo Ba Bình, năm 2011 có 106 chiếc tàu xâm nhập, từ tháng 1 đến tháng 4 năm 2012 có 41 tàu xâm nhập. Cục trưởng Cục An ninh Quốc gia Đài Loan Lâm Úc Phương phát biểu rằng Việt Nam đã mong muốn kiểm soát bãi Bàn Than (hiện do Đài Loan kiểm soát) từ lâu và cho rằng việc bãi này rơi vào tay Việt Nam sẽ chỉ còn là vấn đề thời gian nếu như chính phủ Đài Loan không có hành động tích cực như xây dựng cơ sở cố định trên bãi.[163]

Ngày 6/11/2014, đại diện Bộ Ngoại giao Việt Nam đã gặp đại diện Đại sứ quán Trung Quốc tại Hà Nội trao công hàm phản đối Trung Quốc tiến hành các hoạt động cải tạo phi pháp trên đá Chữ Thập thuộc quần đảo Trường Sa của Việt Nam[164].

Ngày 9/4/2015, bà Hoa Xuân Oánh, người phát ngôn Bộ Ngoại giao Trung Quốc, cho biết hoạt động cải tạo đất và xây dựng tại quần đảo Trường Sa của Trung Quốc là để "xây dựng nơi trú ẩn, hỗ trợ điều hướng, tìm kiếm và cứu hộ, dịch vụ dự báo khí tượng hàng hải, dịch vụ nghề cá cùng thủ tục hành chính cần thiết cho Trung Quốc, các nước láng giềng cũng như chính các tàu đang hoạt động trên Biển Đông". Việc này "là cần thiết do rủi ro từ những cơn bão gây ra với nhiều tuyến hàng hải xa đất liền" và còn "đáp ứng nhu cầu phòng thủ quân sự" của Trung Quốc.[165]

Ngày 16/4/2015, trả lời câu hỏi phản ứng của Việt Nam với phát biểu của người phát ngôn Bộ Ngoại giao Trung Quốc Hoa Xuân Oánh ngày 9/4/2015 về việc mở rộng các bãi đá ngầm ở Trường Sa thuộc chủ quyền Việt Nam, người phát ngôn Bộ Ngoại giao Lê Hải Bình cho biết Việt Nam đã nhiều lần giao thiệp với phía Trung Quốc, kể cả ở cấp cao về vấn đề này. Theo ông, "Một lần nữa, chúng tôi tuyên bố Việt Nam có đầy đủ căn cứ pháp lý và bằng chứng lịch sử khẳng định chủ quyền của mình đối với quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Mọi hành động xây dựng, mở rộng của nước ngoài ở các đảo, đá thuộc khu vực quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa mà không được sự cho phép của Chính phủ Việt Nam là hoàn toàn phi pháp và vô giá trị. Việt Nam kiên quyết phản đối các hành động nêu trên và yêu cầu các bên liên quan nghiêm túc thực hiện Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC), đóng góp thiết thực vào việc duy trì hòa bình, ổn định ở Biển Đông".[166]

Ngày 28/4/2015, Chủ tịch Hội nghị Cấp cao ASEAN lần thứ 26 ra tuyên bố chia sẻ lo ngại sâu sắc của các lãnh đạo ASEAN về việc tôn tạo, bồi đắp đang diễn ra ở Biển Đông, làm xói mòn lòng tin, sự tin cậy và phương hại đến hòa bình, an ninh và ổn định ở Biển Đông; khẳng định lại tầm quan trọng của việc duy trì hòa bình, ổn định, an ninh và tự do hàng hải và hàng không ở Biển Đông, nhấn mạnh các bên cần bảo đảm việc thực hiện đầy đủ và hiệu quả toàn vẹn Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC): nhằm xây dựng, duy trì và tăng cường lòng tin và sự tin cậy lẫn nhau; thực hiện kiềm chế trong các hành động; không đe dọa hoặc sử dụng vũ lực; các bên liên quan giải quyết những khác biệt và tranh chấp bằng biện pháp hòa bình, tuân thủ luật pháp quốc tế trong đó có Công ước Liên Hiệp Quốc về Luật biển 1982.[167] Thượng nghị sĩ Mỹ John McCain, Chủ tịch Ủy ban Quân lực Thượng viện Mỹ, lo ngại Trung Quốc sẽ quân sự hóa các đảo nhân tạo xây dựng phi pháp và tuyên bố một vùng nhận diện phòng không (ADIZ) ở Biển Đông để khẳng định yêu sách chủ quyền.[168]

Thông cáo chung của Hội nghị Bộ trưởng Ngoại giao ASEAN (AMM) 48 ra ngày 06/08/2015 đã tuyên bố "Chúng tôi ghi nhận lo ngại sâu sắc của một số Bộ trưởng đối với việc tôn tạo, bồi đắp ở Biển Đông, làm xói mòn lòng tin và sự tin cậy, gia tăng căng thẳng và có thể gây phương hại tới hòa bình, an ninh và ổn định ở Biển Đông". Thông cáo khẳng định tầm quan trọng của việc duy trì hòa bình, an ninh, ổn định, tự do hàng hải và hàng không ở Biển Đông, nhấn mạnh sự cần thiết đối với tất cả các bên trong việc bảo đảm thực hiện đầy đủ và hiệu quả toàn bộ các điều khoản của Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC): xây dựng, duy trì và tăng cường lòng tin và sự tin cậy lẫn nhau; thực hiện kiềm chế đối với các hành động làm phức tạp và gia tăng các tranh chấp; không đe dọa hoặc sử dụng vũ lực; các bên liên quan giải quyết các bất đồng và tranh chấp bằng biện pháp hòa bình, phù hợp với các nguyên tắc được thừa nhận rộng rãi của luật pháp quốc tế, trong đó có Công ước Liên Hiệp Quốc về Luật biển (UNCLOS) 1982. Thông cáo chung cũng nêu rõ các bên trông đợi việc thực hiện hiệu quả các biện pháp đã được nhất trí nhằm tăng cường lòng tin và sự tin cậy lẫn nhau cũng như tạo một môi trường thuận lợi cho việc duy trì hòa bình, an ninh và ổn định ở khu vực.[169]

Philippines và Trung Quốc

Đá Vành Khăn là một rạn san hô vòng hầu như chìm ngập dưới nước. Đây chính là nơi bùng phát căng thẳng giữa Trung Quốc và Philippines trong nửa sau thập niên 1990.

Tháng 2 năm 1995, xung đột diễn ra giữa Trung Quốc và Philippines khi Philippines tìm thấy một số kết cấu trên đá Vành Khăn, khiến chính phủ nước này phải đưa ra một kháng cáo chính thức đối với hành động chiếm đóng của Trung Quốc. Ngày 25 tháng 3 năm 1995, Hải quân Philippines bắt giữ bốn tàu Trung Quốc gần đá Suối Ngọc.[170] Cũng trong ngày 25 tháng 3, Việt Nam nói rằng lính Đài Loan trên đảo Ba Bình bắn vào tàu chở hàng của Việt Nam đang trên đường từ đá Lớn đến đảo Sơn Ca.[171] Thời gian sau đó, nhiều cuộc gặp gỡ đã diễn ra giữa các bên tham gia tranh chấp và cả Indonesia nhưng thu được rất ít kết quả.[172] Đến năm 1998, Trung Quốc tuyên bố rằng "các chòi ngư dân" ở đá Vành Khăn bị hư hại do bão và điều 7 tàu đến vùng này để sửa chữa. Lần này Philippines tiếp tục có các hành động đáp trả như cho hải quân bắn chìm một số tàu cá của Trung Quốc mà nước này cho rằng đã xâm phạm vùng đặc quyền kinh tế của họ.[173]

Tháng 6 năm 2012, Trung Quốc cũng đã chiếm thành công bãi cạn Scarborough, chỉ cách Vịnh Subic của Philippines khoảng 200 km về phía Tây.[174]

Philippines và Malaysia, Việt Nam

Tháng 6 năm 1999, Philippines phản đối Malaysia chiếm bãi Thám Hiểm và đá Én Ca, hai thực thể mà Philippines gọi là Pawikan và Gabriela Silang. Đến tháng 10, nước này còn cho máy bay do thám bãi Thám Hiểm khiến Malaysia cũng chỉ thị máy bay bay theo. Tuy nhiên, không có đụng độ quân sự diễn ra.[175]

Ngày 28 tháng 10 năm 1999, Philippines cáo buộc quân đội Việt Nam trên đá Tiên Nữ đã bắn vào máy bay của Philippines khi máy bay này bay thấp để nhìn rõ tòa nhà ba tầng của Việt Nam vào ngày 13 tháng 10.[176]

Xoa dịu căng thẳng

Những năm sau căng thẳng tại đá Vành Khăn, Trung Quốc và Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á (ASEAN) đã thỏa thuận đàm phán để đưa ra một bộ quy tắc ứng xử nhằm giảm căng thẳng tại các đảo tranh chấp. Ngày 5 tháng 3 năm 2002, một văn kiện chính trị đã ra đời để thể hiện mong ước giải quyết vấn đề chủ quyền "mà không sử dụng thêm nữa vũ lực". Ngày 4 tháng 11 năm 2002, Tuyên bố về ứng xử của các bên ở biển Đông (DOC) được ký kết nhưng lại không mang tính ràng buộc về mặt pháp lý.[6][177] Năm 2005, Bộ Ngoại giao Trung Quốc thông báo là vào ngày 14 tháng 3, Tổng công ty Dầu khí Hải dương Trung Quốc (CNOOC) cùng Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam và Công ty Dầu Quốc gia Philippines đã ký thỏa thuận thăm dò địa chất chung nhằm thi hành DOC 2002.[178]

Trong chuyến thăm Mỹ ngày 25/9/2015, Chủ tịch Trung Quốc Tập Cận Bình tuyên bố với Tổng thống Mỹ Obama "Những hoạt động xây dựng mà Trung Quốc đang triển khai ở Nam Sa không nhằm vào hay làm ảnh hưởng bất kỳ quốc gia nào và Trung Quốc không có ý định theo đuổi hoạt động quân sự hóa".[179]